C’est par Henri Estienne, dans le chapitre XVIII de l’Apologie pour Herodote (1566) qu’a été transmise la tradition selon laquelle Des Périers se serait suicidé:

Je n’oublieray pas Bonaventure Des Periers, l’auteur du detestable livre Cymbalum Mundi, qui nonobstant la peine qu’on prenoit à le garder (à cause qu’on le voyoit estre desespéré et en deliberation de se deffaire) fut trouvé s’estant tellement enferré de son espee, sur laquelle il s’estoit jetté, l’ayant appuyée le pommeau contre terre, que la pointe sortoit par l’eschine.

Ce témoignage a été repris par Pierre de l’Estoile qui a noté sur un exemplaire de l’édition du Cymbalum de 1538:

Telle vie, telle fin, avéré par la mort de ce miserable indigne de porter le nom d’homme.

Cette tradition, portée par des détracteurs de Des Périers, doit être considérée avec circonspection.